| 記録順位 | No | 氏名 | 所属 | 資格記録 |
| 1 | 165 | 坂 直哉 ( 4) | 名城大 ・三 重 | 3:45.86 |
| 2 | 988 | 西川 耕平 ( 3) | 立命館大 ・兵 庫 | 3:47.18 |
| 3 | 298 | 八塚 唯一 ( 4) | 広島経大 ・愛 媛 | 3:51.11 |
| 4 | 1018 | 野々口 範一( 3) | 龍谷大 ・京 都 | 3:51.70 |
| 5 | 796 | 西村 純一 ( 1) | 京都産業大 ・京 都 | 3:51.89 |
| 6 | 715 | 上田 佳 ( 4) | 関西学院大 ・兵 庫 | 3:52.03 |
| 7 | 410 | 下瀬 幸男 ( 3) | 九州大 ・福 岡 | 3:54.08 |
| 8 | 628 | 辻井 武志 ( 3) | 大阪体育大 ・兵 庫 | 3:54.5 |
| 9 | 826 | 大西 洋介 ( 1) | 近畿大 ・和歌山 | 3:54.70 |
| 10 | 633 | 吉井 賢志 ( 2) | 大阪体育大 ・徳 島 | 3:54.8 |
| 11 | 835 | 鍬本 大輝 ( 1) | 甲南大 ・大 阪 | 3:54.84 |
| 12 | 1005 | 山本 清伸 ( 1) | 立命館大 ・山 口 | 3:55.42 |
| 13 | 949 | 熊田 大 ( 3) | びわスポ大 ・滋 賀 | 3:55.87 |
| 14 | 990 | 森田 知行 ( 3) | 立命館大 ・奈 良 | 3:56.41 |
| 15 | 376 | 矢花 之宏 ( 4) | 鹿屋体育大 ・長 野 | 3:56.80 |
| 16 | 942 | 竹岡 未先 ( 1) | 奈良産業大 ・奈 良 | 3:56.84 |
| 17 | 940 | 楢崎 淳二 ( 1) | 奈良産業大 ・奈 良 | 3:57.09 |
| 18 | 626 | 大橋 昌弘 ( 4) | 大阪体育大 ・三 重 | 3:57.3 |
| 19 | 262 | 山下 弁二 ( 4) | 徳島大 ・徳 島 | 3:57.49 |
| 20 | 202 | 沼田 望 ( 4) | 岡山大 ・岡 山 | 3:57.97 |
| 21 | 741 | 上山 剛史 ( 1) | 関西学院大 ・兵 庫 | 3:58.17 |
| 22 | 689 | 木村 陽介 ( 2) | 関西大 ・京 都 | 3:58.48 |
| 23 | 561 | 酒井 達哉 ( 3) | 大阪教育大 ・愛 知 | 3:58.50 |
| 24 | 296 | 岡 祐二 ( 4) | 広島経大 ・岡 山 | 3:58.81 |
| 25 | 281 | 高橋 史人 (M1) | 広島大 ・徳 島 | 3:58.88 |
| 26 | 540 | 佐藤 和史 ( 4) | 大阪大 ・大 阪 | 3:58.94 |
| 27 | 785 | 大西 洋彰 ( 3) | 京都産業大 ・京 都 | 3:59.69 |
| 28 | 682 | 西田 拓 ( 3) | 関西大 ・兵 庫 | 4:00.20 |
| 29 | 750 | 加藤 秀和 ( 1) | 関西学院大 ・兵 庫 | 4:00.26 |
| 30 | 956 | 栫 拓也 ( 1) | びわスポ大 ・滋 賀 | 4:01.15 |
| 31 | 482 | 古賀 史浩 ( 3) | 福岡大 ・福 岡 | 4:01.29 |
| 32 | 217 | 原 健太 ( 1) | 岡山商大 ・岡 山 | 4:01.35 |
| 33 | 252 | 高木 政夫 ( 4) | 島根大 ・鳥 取 | 4:01.52 |
| 34 | 704 | 田部 良樹 ( 3) | 関西外語大 ・大 阪 | 4:01.63 |
| 35 | 199 | 新玉 賢治 ( 2) | 岡山大 ・高 知 | 4:02.38 |
| 36 | 813 | 松江 貴弘 ( 3) | 近畿大 ・和歌山 | 4:02.41 |
| 37 | 556 | 宮城 和人 ( 4) | 大阪学院大 ・滋 賀 | 4:02.95 |
| 38 | 938 | 奥中 洋貴 ( 3) | 奈良産業大 ・奈 良 | 4:03.16 |
| 39 | 346 | 鎌木 大輔 ( 3) | 美作大 ・岡 山 | 4:03.17 |
| 40 | 545 | 段床 健太 ( 3) | 大阪外語大 ・兵 庫 | 4:03.30 |
| 41 | 315 | 髙田 善成 ( 3) | 広島修大 ・広 島 | 4:03.50 |
| 41 | 890 | 岡村 大樹 ( 4) | 天理大 ・兵 庫 | 4:03.5 |
| 43 | 24 | 中村 暢宏 ( 1) | 愛知学院大 ・愛 知 | 4:03.52 |
| 44 | 77 | 松本 鉄平 ( 3) | 静岡大 ・静 岡 | 4:03.57 |
| 45 | 420 | 日巻 元寿 ( 4) | 九州産業大 ・福 岡 | 4:03.59 |
| 46 | 829 | 中川 剛 ( 1) | 近畿福祉大 ・兵 庫 | 4:03.60 |
| 47 | 388 | 吉川 武彰 ( 2) | 鹿屋体育大 ・京 都 | 4:03.63 |
| 48 | 575 | 向井 章訓 ( 4) | 大阪経済大 ・兵 庫 | 4:03.95 |