| 順位 | 学校名 | 総合得点 | 男子 １００ｍ | 男子 ２００ｍ | 男子 ４００ｍ | 男子 ８００ｍ | 男子 １５００ｍ | 男子 ５０００ｍ | 男子 １００００ｍ | 男子 １１０ｍＨ | 男子 ４００ｍＨ | 男子 ３０００ｍＳＣ | 男子 ４×１００ｍ | 男子 ４×４００ｍ |
| 1 | 立命館大 | 113 | 4 | 15 | 9 | 19 | 11 | 7 | 9 | 8 | 9 | 7 | 8 | 7 |
| 2 | 京都産業大 | 86 | 6 | 13 | 17 | 5 | 6 | 9 | 10 | 5 | 7 | 8 | ||
| 3 | 同志社大 | 51 | 7 | 7 | 9 | 12 | 6 | 5 | 5 | |||||
| 4 | 龍谷大 | 47 | 5 | 2 | 14 | 4 | 18 | 4 | ||||||
| 5 | 京都大 | 47 | 8 | 8 | 8 | 7 | 2 | 4 | 1 | 6 | 3 | |||
| 6 | びわスポ大 | 32 | 7 | 7 | 4 | 1 | 3 | 4 | 6 | |||||
| 7 | 京都教育大 | 29 | 2 | 4 | 5 | 8 | 6 | 2 | 2 | |||||
| 8 | 佛教大 | 20 | 4 | 1 | 6 | 5 | 3 | 1 | ||||||
| 9 | 滋賀大 | 6 | 5 | 1 |