| 順位 | 学校名 | 総合得点 | 男子 １００ｍ | 男子 ２００ｍ | 男子 ４００ｍ | 男子 ８００ｍ | 男子 １５００ｍ | 男子 ５０００ｍ | 男子 １００００ｍ | 男子 １１０ｍＨ | 男子 ４００ｍＨ | 男子 ３０００ｍＳＣ | 男子 ４×１００ｍ | 男子 ４×４００ｍ |
| 1 | 立命館大 | 102 | 2 | 7 | 11 | 15 | 11 | 7 | 16 | 8 | 1 | 13 | 3 | 8 |
| 2 | 京都産業大 | 88 | 5 | 11 | 13 | 14 | 14 | 12 | 6 | 6 | 7 | |||
| 3 | 京都大 | 72 | 15 | 16 | 8 | 6 | 2 | 3 | 5 | 4 | 8 | 5 | ||
| 4 | 同志社大 | 47 | 10 | 3 | 7 | 1 | 7 | 15 | 4 | |||||
| 5 | びわスポ大 | 40 | 8 | 11 | 3 | 6 | 4 | 2 | 6 | |||||
| 6 | 龍谷大 | 35 | 5 | 1 | 3 | 5 | 2 | 11 | 5 | 3 | ||||
| 7 | 京都教育大 | 19 | 3 | 2 | 3 | 7 | 4 | |||||||
| 8 | 佛教大 | 17 | 6 | 5 | 1 | 2 | 1 | 2 | ||||||
| 9 | 滋賀大 | 9 | 8 | 1 | ||||||||||
| 10 | 京都工繊大 | 3 | 3 |